La investigación de X-Files por parte del FBI ha conducido a sus agentes a diversas localizaciones del noroeste del Pacífico, como la oficina de un forense, una terminal de ferrocarril, un hospital, viviendas privadas y una base secreta de la NSA, la agencia de seguridad. El jugador controla la investigación, que lleva a los agentes a estos y a otros muchos lugares.
